In 2004 volgde hij Herman Balthazar op als gouverneur van Oost-Vlaanderen, hij bleef dat tot eind januari 2013. Hij beschouwde het als een bekroning van zijn politieke carrière. In 2010 werd bij de toen 62-jarige gouverneur longvlieskanker vastgesteld. Drie jaar lang bleef hij vechten tegen de slepende ziekte, op 13 mei 2013 verloor hij dan toch het pleit.
Lees ook: "Meer een bruggenbouwer dan een gladiator"
Vanaf 2005 organiseerden WTC de Leierenners en de Oost-Vlaamse gouverneur André Denys voor het eerst de Rit van de Gouverneur. De start van een mooie traditie die al ruim 70.000 euro opbracht voor verschillende goede doelen. Toen bij de gouverneur longvlieskanker werd vastgesteld, werd er steeds voor een goed doel gekozen dat met de problematiek van kanker te maken had. In 2013 werd de Rit van de Gouverneur ingeruild voor de Klassieker van het Goede Doel - Rit eregouverneur André Denys. Als blijvend eerbetoon voor onze goede fietsvriend André wordt deze traditie verder gezet.